Cột mốc đầu tiên quan trọng của đội bóng là trận đấu giao hữu giữa đội bóng đá thanh niên Quy Nhơn và đội bóng đá thanh niên An Nhơn diễn ra ngày 1 tháng 5 năm 1975. Sau trận đấu này, Đội bóng đá Thanh niên Bình Định được thành lập với lực lượng nòng cốt từ 2 đội bóng trên do ông Lựu làm trưởng đoàn, với các cầu thủ Phan Kim Lân (Lân Vẽ), Đặng Gia Mẫn (Mẫn Lùn), Tống Anh Hoàng (tên thường gọi là A), Lê Thanh Huy, Lê Văn Minh, Nguyễn Văn Thìn, Võ Văn Cang, Nguyễn Văn Hà (Sơn Địa), thủ môn Lân Móm… Sau khi thành lập, trong tháng 5 năm 1975, đội đã có 2 trận đấu giao hữu với đội Khánh Hòa tại Ninh Hòa và Nha Trang cùng 2 trận giao hữu với đội Quảng Nam Đà Nẵng tại Hội An và Đà Nẵng.

Năm 1976, đội tham gia Giải bóng đá Trường Sơn và đoạt được giải phong cách. Sau giải này, đội tham gia vào các giải đấu quốc gia để có thể thăng lên hạng A phong trào và được đánh giá là một trong những đội bóng địa phương có thành tích thi đấu đáng chú ý.

Năm 1980, Đội bóng đá Công nhân Nghĩa Bình được thành lập trên nòng cốt là đội Thanh niên Bình Định,bổ sung các cầu thủ như: Dương Ngọc Hùng, Nguyễn Ngọc Thiện, Trần Minh Cảnh… và tham gia giải bóng đá A1 toàn quốc. Tại giải này, đội nằm ở bảng A, cùng với các đội Cảng Sài Gòn, Công an Hà Nội, Quân khu 3, Công nghiệp Thực phẩm và Tiền Giang. vòng đấu bảng, đội xếp hạng 4/6 đội của bảng A với 9 điểm, ghi được 11 bàn và để lọt lưới 16 bàn.[1]

Sau mùa giải mùa bóng 1989, đội tách thành 2 đội bóng riêng biệt. Các cầu thủ Bùi Văn Sỹ, Tạ Mạnh Thôi... về Đội bóng đá Quảng Ngãi. Thành phần nòng cốt còn lại thành lập nên Đội bóng đá Bình Định, với dàn cầu thủ bổ sung Nguyễn Ngọc Thái, Phan Tôn Quyền, Lê Ngọc Dũng, Nguyễn Xuân Hoánh, Nguyễn Văn Cường, Trần Kim Đức, Nguyễn Công Long, Nguyễn Hoàng Anh Dũng...

Tại mùa giải 1995, đội bỏ không thi đấu vòng play-off cùng với các đội Quảng Nam Đà Nẵng, Long An, Sông Bé để phản ứng với Ban tổ chức giải về những vấn đề liên quan đến tiêu cực, do đó bị kỷ luật cho xuống hạng.

Sau khi giành được suất thăng hạng, với mùa bóng 1998 không thành công, đội lại bị xuống hạng và chỉ trở lại giải đấu cao nhất tại mùa giải 2001-2002. Tại giải này, đội xếp thứ tư chung cuộc, với 26 điểm chung cuộc, thắng 7 hòa 5 bại 6.

Mùa bóng 2003 đánh dấu nhiều cột mốc đáng nhớ của đội. Đây là mùa bóng đầu tiên đội có cầu thủ nước ngoài trong đội hình với các cầu thủ người Thái Lan, nổi bật nhất với Issawa. Bên cạnh vị trí thứ Tư chung cuộc với 35 điểm, thắng 10 - hòa 5 - bại 7 tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Việt Nam 2003, đội còn giành được cúp Cúp bóng đá Việt Nam 2003. Mùa bóng 2004, đội xếp giữa bảng V-League và bảo vệ thành công danh hiệu vô địch Cúp quốc gia. Đây cũng là mùa bóng đầu tiên đội tham dự AFC Champions League, hay còn gọi là Cúp C1 châu Á. Sau những thành công nói trên, Công ty cổ phần ô tô xe máy Hoa Lâm đã quyết định trở thành nhà tài trợ chính thức cho đội bóng với mức 12 tỷ đồng cho thời gian 3 năm. Ngày 7 tháng 8 năm 2004, đội chính thức chuyển sang mô hình bán chuyên nghiệp với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Hoa Lâm Bình Định.[2]

Tuy nhiên, tại Giải bóng đá vô địch quốc gia 2005, đội thi đấu không thành công, xếp gần cuối bảng. Công ty Hoa Lâm rút tài trợ. Tổng công ty Sản xuất đầu tư dịch vụ xuất nhập khẩu Bình Định (PISICO) trở thành nhà tài trợ chính cho đội với mức 2 tỷ đồng theo từng năm. Với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá PISICO Bình Định[3], tại mùa bóng 2006, đội thi đấu thành công với vị trí thứ 3 trên bảng tổng sóc đồng thời đoạt vị trí Á quân tại Cúp bóng đá Việt Nam 2007.

Mùa bóng 2008 rất nhiều điều không hay xảy ra với đội bóng. Đầu tiên là hầu như toàn bộ cầu thủ thuộc thế hệ vàng của Bình Định ra đi hoặc nghỉ thi đấu, đội phải thi đấu với thành phần chính là các cầu thủ tuyến trẻ. Bên cạnh đó, mặc dù là đội bóng đầu tiên trong nước được sự tài trợ của một thương hiệu nước ngoài với thương hiệu sơn Boss của hãng sơn 4 Orangers [4], đội suýt phải ra tòa do lãnh đạo vi phạm hợp đồng[5]. Mặc dù sự việc sau đó đã được dàn xếp và đội thi đấu tại mùa giải 2008 với tên mới Câu lạc bộ bóng đá Boss Bình Định, nhưng khủng hoảng đã hưởng đến thành tích thi đấu khi đội xếp cuối bảng và bị xuống hạng cùng với Hòa Phát Hà Nội và Hà Nội - ACB.

Năm 2009, đội chính thức chuyển sang mô hình chuyên nghiệp, đặt dưới sự quản lý của Công ty Cổ phần Bóng đá SQC Bình Định, thi đấu dưới tên gọi Câu lạc bộ bóng đá SQC Bình Định.

Năm 2014, cuộc khủng hoảng rơi xuống tận đáy khi không có kinh phí nên Bình Định bỏ giải, bị đánh xuống hạng Ba. Lực lượng cầu thủ của đội bóng Bình Định chủ yếu là các cầu thủ trẻ lứa tuổi U21, thậm chí có cầu thủ ở lứa U17, do HLV Phan Tôn Quyền cầm quân.

Năm 2015, CLB Bóng đá Bình Định thi đấu thăng hạng Nhì Quốc gia.

Năm 2017, Đội thi đấu và giành quyền thăng hạng Nhất mùa giải 2018.

Tháng 5 năm 2018, câu lạc bộ bóng đá Bình Định chính thức ký hợp đồng hợp tác với Công ty Cổ phần Tập đoàn TMS, ra mắt Câu lạc bộ bóng đá Bình Định TMS.Tại Giải HNQG 2018, Bình Định TMS xếp thứ 9. Sang mùa giải HNQG 2019, đội bóng không còn gắn tên cùng với nhà tài trợ, đăng ký thi đấu với tên gọi CLB bóng đá Bình Định, xếp thứ 11 Giải HNQG 2019.

Năm 2020

Câu lạc bộ đã toàn thắng toàn bộ giai đoạn 2 V-League 2 2020, bao gồm các đối thủ trực tiếp cạnh tranh như Bà Rịa Vũng Tàu hay Sanna Khánh Hoà BVN và kết thúc với chiến thắng 1-0 trước Phố Hiến vào lúc 16 giờ ngày 31/10/2020 trên sân nhà Quy Nhơn. Như vậy, sau 12 năm vắng bóng sân chơi cao nhất Việt Nam, câu lạc bộ đã chính thức trở lại giải bóng đá vô địch quốc gia 2021 với chiếc cúp vô địch Hạng nhất quốc gia 2020.